甘肅中醫(yī)藥大學(xué)藏醫(yī)學(xué)院與甘南州衛(wèi)生學(xué)校為兩塊牌子、同一建制。甘南州衛(wèi)校從1979年起就開辦藏醫(yī)士中專教育。1989年，經(jīng)甘肅省政府同意、甘肅省教委批準(zhǔn)，甘南州人民政府和甘肅中醫(yī)學(xué)院（現(xiàn)為甘肅中醫(yī)藥大學(xué)）在甘南衛(wèi)校聯(lián)合開辦藏醫(yī)大專班，設(shè)立甘肅中醫(yī)學(xué)院藏醫(yī)系。2001年擴(kuò)大為藏醫(yī)學(xué)院，設(shè)置5年制藏醫(yī)學(xué)本科專業(yè)。 2009年藏醫(yī)學(xué)專業(yè)獲得碩士學(xué)位授予權(quán)。2013年開始招收碩士研究生。同年，經(jīng)國(guó)家教育部批準(zhǔn)設(shè)置藏藥學(xué)4年制本科專業(yè)并招生。（甘南衛(wèi)校1979年建校。2006年被甘肅省教育廳評(píng)定為“省級(jí)重點(diǎn)中等職業(yè)學(xué)更多>